胃肠肿瘤外科是北京扶正肿瘤医院的核心科室之一，科室拥有一支技术精湛、团结协作、不断进取的高水平临床医疗队伍及坚实的团队。致力于肿瘤的多学科治疗及微创规范化手术推广，肿瘤外科微创治疗方面一直处于国内领先水平，腔镜微创手术、营养支持、快速康复外科技术是胃肠外科专业特色。

 科室注重肿瘤疾病的规范化治疗，并根据每一位肿瘤患者的具体病情来制定合理的、规范的肿瘤治疗方案，熟练开展腹腔镜胃癌根治术、腹腔镜结肠癌根治术、腹腔镜直肠癌根治术、胸腹腔镜联合肿瘤切除、单孔充气式纵膈镜联合腹腔镜食管癌根治术、单孔腹腔镜胃肠肿瘤根治术、甲状腺肿瘤消融术等手术。